การชำระค่าภาษีอากร ค่าธรรมเนียมศุลกากร รายได้อื่น และ/หรือเงินประกันของกรมศุลกากรมี 3 วิธี

1. การชำระด้วยตนเอง ที่หน่วยรับชำระเงินทุกที่ของกรมศุลกากร โดยสามารถชำระด้วย

1.1 เงินสด หรือ บัตรภาษี

1.2 บัตรเดบิต หรือ บัตรเครดิต

1.2.1 บัตรเดบิตจะไม่เสียค่าบริการ

1.2.2 บัตรเครดิตของทุกธนาคาร อัตราค่าธรรมเนียมของธนาคารเป็นไปตามที่ธนาคารกำหนด

1.3 เช็ค (cheque) ของผู้ประกอบการที่มีธนาคารค้ำประกันและได้รับอนุมัติจากกรมศุลกากร หรือแคชเชียร์เช็ค หรือดร๊าฟท์ ทั้งนี้เช็คส่วนตัวไม่สามารถนำมาชำระภาษีได้

1.3.1 การสั่งจ่าย ให้ขีดคร่อม และ ขีดฆ่าคำว่า "ผู้ถือ" ออก

1.3.2 ให้สั่งจ่ายในชื่อ

                   "กรมศุลกากร (พักรายได้) โดย ... (ชื่อผู้นำของเข้า/ผู้ส่งของออก/อื่น ๆ ..."

หากเป็นภาษาอังกฤษให้ใช้

"The Customs Department (Suspension) by ...(name of importer/exporter or etc.)..." (ตามประกาศ
กรมศุลกากร ที่ 19/2552 ลงวันที่ 9 เมษายน 2552)

ห้ามสั่งจ่ายค่าภาษีรวมกับค่าธรรมเนียมการผ่านพิธีการศุลกากร

1.3.3 การสั่งจ่ายค่าธรรมเนียม ให้สั่งจ่าย "กรมศุลกากร โดย ชื่อผู้นำเข้า / ผู้ส่งออก......................"

                เมื่อชำระเงินแล้วเจ้าหน้าที่ ณ หน่วยการเงินจะออกใบเสร็จรับเงิน กศก. 122 การแก้ไข หรือขอจำลองใบเสร็จรับเงิน ต้องมายื่นคำร้องขอดำเนินการกับหน่วยงานที่รับชำระค่าภาษีอากร

2. การชำระเงินในระบบ e-Payment คือ การชำระเงินค่าภาษีอากรพร้อมกับการส่งข้อมูลใบขนสินค้า เพื่อตัดบัญชีธนาคารของผู้นำของเข้า ผู้ส่งของออก หรือตัวแทนออกของ ตามที่ได้แจ้งชื่อ " ธนาคารเพื่อการขอชำระภาษีอากร และ/หรือ ขอคืนเงินอากร " ไว้ในทะเบียนผู้ผ่านพิธีการศุลกากร

ผู้นำของเข้า ผู้ส่งของออก หรือตัวแทนออกของที่มีชื่อในใบขนสินค้า สามารถพิมพ์ใบเสร็จรับเงินจากระบบอิเล็กทรอนิกส์ของกรมศุลกากรผ่านระบบ e-Tracking โดยจะได้ใบเสร็จรับเงิน กศก. 123

3. ชำระเงินในระบบ e-Bill Payment คือ การใช้เอกสารตามที่กรมศุลกากรกำหนด ซึ่งมี QR Code หรือ Bar Code หรือเลขอ้างอิงตามที่ปรากฏในเอกสารนั้น ไปชำระเงินค่าภาษีอากร ณ เคาน์เตอร์ของธนาคาร หรือ Internet Banking หรือ ATM หรือช่องทางการรับชำระเงินอื่นๆ ของธนาคาร หรือ ผ่านตัวแทนรับชำระเงินที่ทำความตกลงกับกรมศุลกากร ได้แก่ เคาน์เตอร์เซอร์วิชของ 7-11 และ บิ๊กซี